学科专业是高校办学的基点。从广义讲，学校一开始办学就有了学科建设。我校从1986年物理化学与电器2个专业获得博士点后，表明我校一些学科建设已经达到一定的水平。作为立项项目，1995年我校物理化学与电器等首批8个学科列入了省级重点学科建设项目。1996年学校正式进入“211工程”后，则开始有计划、有系统地进行学科建设。

经过“211工程”“九五”、“十五”和“十一五”三个阶段的建设，学校办学实力迅速提升，实现了历史性转变：一是跨入了重点建设的百所高校行列和省部共建大学；二是实现了从教学型大学向教学研究型大学的转变；三是学科结构布局更加优化，从理工科大学向以工为主，理工结合，经、管、文、法、艺的多科性大学的转变。学校在人才培养、科学研究、社会服务等方面取得了显著成绩，校园面貌焕然一新，综合实力和办学水平得到了大幅度提升，实现了跨越式的发展。

经过三期“211工程”的建设，学校建成了国家二级重点学科1个、国家二级重点培育学科1个、省级优势学科创新平台5个、省级特色学科6个、省级重点学科26个。学校核心竞争力进一步增强，学科建设内涵主要评价指标得到大幅度提升。

福州大学现有：

国家重点学科——物理化学

国家重点（培育）学科——结构工程

福建省高校优势学科创新平台：环境光催化、节能环保工业催化、信息显示与信息处理、能源光催化、可持续工程结构与防震减灾

福建省特色重点学科：土木工程、电气工程、机械工程、数学、管理科学与工程、材料科学与工程

福建省省级重点学科26个：